Ο εσωτερικός έλεγχος ποιότητας περιλαμβάνει την καθημερινή ανάλυση υλικών έλεγχου (controls) διαφόρων επίπεδων γνωστής συγκέντρωσης για κάθε παράμετρο, πριν την ανάλυση δειγμάτων ασθενών αλλά και κατά της διάρκεια της ρουτίνας του εργαστηρίου.

Τα αποτελέσματα θα πρέπει να είναι εντός των κατασκευαστικών ορίων, αλλά και εντός των εργαστηριακών ορίων έτσι όπως έχουν εργαστηριακά καθοριστεί από την καθημερινή τους ανάλυση.

Ο σωστός χειρισμός των υλικών ελέγχου, και η αποδοχή των αποτελεσμάτων κατόπιν στατιστικής ανάλυσης (control charts), που περιλαμβάνει μέση τιμή, εύρος, αποδεκτό sd και τήρηση των κανόνων westgard, εξασφαλίζουν την ορθότητα και ακρίβεια των αποτελεσμάτων των ασθενών καθόλη τη διάρκεια της εργαστηριακής ρουτίνας.

Το εργαστήριο, πραγματοποιεί καθημερινούς ελέγχους με ανάλυση υλικών ελέγχου (control), τουλάχιστον 2 διαφορετικών επιπέδων ανά εξέταση, πάντα πριν την έναρξη της ρουτίνας. Συμπληρωματικά πραγματοποιείται έλεγχος και κατά την διάρκεια της εργαστηριακής ρουτίνας, αν πρόκειται για ευαίσθητες εξετάσεις με περιορισμένη σταθερότητα των αντιδραστηρίων. Τα υλικά ελέγχου που χρησιμοποιούνται είναι είτε τα προτεινόμενα από τον κατασκευαστή, ξεχωριστά για κάθε παράμετρο, είτε πολυ-controls από ανεξάρτητη εταιρία κατασκευαστή. Τα όρια αποδοχής των παραμέτρων εξαρτώνται από το χρησιμοποιούμενο αναλυτικό σύστημα.